Service Laboratoire de Microbiologie

Le laboratoire de microbiologie joue un rôle essentiel dans le diagnostic et la gestion des infections. C’est un pilier fondamental dans le système de santé de par l’expertise et l’engagement de toute l’équipe envers l’innovation. Le laboratoire contribue à améliorer la prise en charge des infections et plus particulièrement les infections respiratoires (tuberculose, pneumopathies à pneumocoque, à germes atypiques, légionellose…).

De plus, c’est le laboratoire national de référence (LNR) des mycobactéries dont les principales missions sont :

• Le diagnostic de la tuberculose et la détection et la confirmation des cas multirésistants (MDR) grâce à des méthode de diagnostic fiables et standardisées à l’échelle nationale.
• La surveillance épidémiologique de la tuberculose.
• La formation des professionnels de santé.
• La contribution à la recherche sur les mycobactéries, notamment sur la résistance aux antibiotiques.
• L’élaboration de recommandations pour le diagnostic des infections à mycobactéries et la prise en charge de ces infections.

L’équipe du laboratoire travaille en étroite collaboration avec les cliniciens pour contribuer à la gestion et à la maîtrise du risque infectieux.

Le laboratoire participe également à des programmes de surveillance épidémiologique :

• Surveillance de la résistance aux antibiotiques LART.
• Programme national de lutte anti-tuberculeuse.
• Surveillance et alerte en cas d’épidémies, exemple COVID.

Le laboratoire assure le diagnostic des principales pathologies infectieuses d’origine bactériennes, virales et ou parasitaires grâce à :

• Des techniques fiables de microbiologie conventionnelle (Examen direct, mise en culture, identification des agents infectieux, l’étude de la sensibilité aux anti-infectieux).
• Une unité de sérodiagnostic pour le diagnostic des infections virales, bactériennes et parasitaires.
• Des techniques de biologie moléculaire (PCR en temps réel, PCR multiplexes…) pour l’identification rapide de pathogènes (complexe tuberculosis, SARS-CoV-2…) et détection des résistances aux antibiotiques.

Le laboratoire de microbiologie est ouvert de 7h30 à 19h du lundi au samedi et de 8h à 15h les dimanches et jours fériés. Les dimanches, les jours fériés et les après-midis à partir de 13h, seules les urgences sont assurées.

• Pour les patients hospitalisés : les prélèvements (ECBC, crachats, urines, prélèvements sanguins) se font au sein des services cliniques prescripteurs. Ils doivent être envoyés au laboratoire avant 9h du matin.
• Pour les patients ambulatoires, les prélèvements doivent être acheminés au laboratoire après prise de rendez-vous entre 7h30 et 9h du matin :

– Les prélèvements sanguins destinés pour les différentes sérologies (bactériennes, virales et parasitaires) sont réalisés dans la salle de prélèvement du laboratoire général.

– Les crachats pour recherche du bacille de Koch : Le patient se présente au laboratoire de microbiologie pour prendre un rendez-vous et pour récupérer 2 crachoirs stériles destinés à la collecte des crachats. Les crachats sont réalisés 2 jours de suite le matin à jeun, après effort de toux. Le 1^er prélèvement peut-être conservé à domicile au réfrigérateur à +4°C et acheminé le lendemain avec le second crachat au laboratoire.

– L’examen cytobactériologique des crachats (ECBC) est réalisé le matin à jeun, après rinçage bucco-dentaire, lors d’un effort de toux et collecté dans le crachoir préalablement récupéré lors de la prise de rendez-vous.

– Les examens cytobactériologiques des urines (ECBU) : le patient récupère le récipient stérile dans lequel il va collecter les urines du matin après nettoyage soigneux du méat urinaire et élimination du premier jet. L’acheminement au laboratoire doit se faire très rapidement, de préférence dans une glacière.

– Pour les autres prélèvements, ils sont réalisés aux consultations externes et doivent être rapidement acheminés au laboratoire.

• Dr Asma Ghariani : Professeur Hospitalo-universitaire.
• Dr Khouloud Ben Dhaou : Assistante-Hospitalo-universitaire.
• Dr Issam Ben Salem : Maître assistant de l’enseignement supérieur.
• Techniciens supérieurs : Mme Leila Essalah, Mr Naceur Elmarzouk, Mme Samia Mahdhi, Mme Henda Draoui, Mme Sana Bejaoui, Mme Nahed Hakmouni, Mme Sabrine Jemaiel, Mme Mariem Boughzala, Mme Wifek Khayati, Mme Maroua Frikha, Mme Hager Abida, Mme Mayssa Daghmouri, Mme Ichrak Ouriri, Mme Amani Belhaj Arfa, Mme Islem Mejri.
• Tecniciennes : Mme Emna Chiboub, Mme Olfa Latrach.
• Infirmière de laboratoire : Mme Bediaa Bejaoui. Infirmières : Mme Aida Hammami, Mme Aicha Bourouba, Mme Intissar Ameur.
• Aide-soignante : Mme Mariem Slama.
• Ouvrière aux écritures : Mme Wassila Bouhaouala.
• Ouvrière : Mme Arbia Yahyaoui.

Nous accueillons des étudiants en Pharmacie, en médecine et en biologie médicale (4 internes, 8 résidents en pharmacie, un résident en médecine spécialité microbiologie, 3 étudiants en école de biologie) pour leur formation.

Nous participons aux enseignements de la microbiologie à la faculté de Pharmacie de Monastir (2éme cycle, CES, masters…)

Encadrement de thèses de pharmacie et de mémoires.

Nous assurons également une activité de recherche et de développement de nouveaux outils de diagnostiques et de détection des résistances aux anti-infectieux. Nous participons au Laboratoire de recherche de l’enseignement supérieur LR19SP02 : « Maladies respiratoires chroniques, du génome à la prise en charge ».